El villano principal de la historia, una inteligencia artificial experimental, aún se encuentra activa. La IA, conocida como La Entidad, ahora cuenta con un nuevo aliado en el mundo de los humanos: Gabriel. El agente Ethan Hunt y su equipo descubren que poseen una llave que podría darles el control total sobre la IA. Con el destino del mundo en juego, se ven obligados a planear una arriesgada misión para detenerla. El grupo debe sumergirse a las profundidades del mar, donde se esconde la peligrosa IA. La historia sigue al equipo mientras corre contra el tiempo para evitar que su verdadero artífice sumerja al mundo en el caos.
